Видам риби Мадагаскару загрожує чи не найбільша в світі небезпека. Втрата природного середовища – особливо перетворення місцевої рослинності на рисові плантації – поєднане з ерозією, викликаною вирубкою лісів, та з акліматизацією екзотичних видів, пригнітили ендемічні види.
Мадагаскар оточений кораловими рифами, які сприяють розвитку багатого біорозмаїття морського життя, включаючи види риби.
Тиляпія в ставку. Тиляпія – акліматизований вид, який причинив чимало шкоди водним екосистемам Мадагаскару. Через тиляпію вимерло багато місцевих видів Мадагаскару.